La formación del mercado eurocomunitario de transporte aéreo, en el que todas las compañías comunitarias pueden libremente prestar servicios de transporte aéreo por el territorio comunitario, supuso que devinieran contrarios al ordenamiento comunitario muchos acuerdos bilaterales de transporte aéreo regular firmados entre los Estados miembros y terceros Estados conforme a los cuales sólo compañías aéreas poseidas o controladas por nacionales de los Estados firmantes podían ser designadas para prestar servicios aéreos entre dichos países. Así, por ejemplo, la compañía Air France no podría ser designada para prestar servicios aéreos entre Madrid y Yakarta al no ser aquélla de propiedad española.
El Tribunal de Justicia de la Unión Europea, en varias sentencias de 5 de noviembre de 2002, concluyó que esa clase de acuerdos limitan la igualdad de oportunidades entre las compañías comunitarias y son discriminatorios y, por tanto, contrarios al Derecho comunitario, debiendo los Estados revisar dichos acuerdos con el fin de garantizar las mismas posibilidades de acceso a las rutas o servicios aéreos desde cada Estado miembro para todas las compañías comunitarias.En junio de 2003 los Estados y la Comisión acordaron que la revisión de dichos acuerdos bilaterales podría hacerse mediante negociaciones bilaterales impulsadas individualmene por cada Estado (dirigidas a alcanzar un nuevo acuerdo bilateral) o mediante negociaciones impulsadas por la propia Comisión en representación de los propios Estados dirigidas a concluir "acuerdos horizontales" entre la Unión Europea y terceros países).
A esta segunda vía, más simple y rápida, responden las negociaciones que ahora se han iniciado con Indonesia y que renovarán el marco legal de los servicios regulares de transporte aéreo ente dicho país y los Estados miembros acogiendo el principio de designación comunitaria; esto es, para prestar servicios aéreos entre un Estado miembro y dicho país podrá ser designada cualquier compañía aérea comunitaria y no sólo las que estén bajo la propiedad o control de los nacionales de dicho Estado miembro.
Hasta diciembre de 2008 fueron modificados por el primer método 132 acuerdos bilaterales celebrados con 60 terceros países. Y por el segundo método, 651 acuerdos bilaterales celebrados con 37 terceros países.